Fakultas Sains dan Teknologi merupakan Fakultas di bawah naungan Universitas Nurul Huda yang dibentuk untuk mewadahi keilmuan di bidang keilmuan sains dan juga teknologi. Pembentukan Fakultas Sains dan Teknologi dibersamai dengan pengalihan bentuk Perguruan Tinggi yang awalnya Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Nurul Huda menjadi Universitas Nurul Huda (UNUHA) melalui surat keputusan Kementrian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Riset dan Teknologi dengan nomor 477/E/0/2021.
Bersama dengan dikeluarkannya surat keputusan tersebut, diterbitkan juga izin penyelenggaraan pendidikan program studi baru di lingkungan Fakultas Sains dan Teknologi, diantaranya Matematika, Informatika, dan Sains Pertanian. Permintaan izin program studi baru tersebut juga didasarkan kepada Rencana Induk Pengembangan Universitas dan juga didasarkan kepada Rencana Strategis Universitas.
Tanggal 11 Desember 2021 melalui surat nomor 109/YPP-NH/KP.02.02/XII/2021 Yayasan Pondok Pesantren Nurul Huda, dalam hal ini yayasan yang menaungi Universitas Nurul Huda mengeluarkan keputusan tentang pengangkatan Pejabat Dekan Fakultas Sains dan Teknologi yang diberikan kepada Dr. Thoha Firdaus, M.Pd.Si. Selanjutnya 23 Juli 2022 Yayasan Pondok Pesantren Nurul Huda juga mengeluarkan Surat Keputusan pengangkatan ketua program studi di lingkungan Fakultas Sains dan Teknologi melalui nomor 175/YPP-NH/KP.02.02/VII/2022. Berdasarkan surat keputusan tersebut nama pejabat masing-masing program studi adalah Annisa Nur Azizah, S.Si, M.Pd (Program Studi Matematika), Pamuji Muhamad Jakak, M.Kom (Program Studi Informatika), dan Lisa Pratama, S.P., M.Si (Program Studi Sains Pertanian).
Saat ini seluruh program studi di lingkungan Fakultas Sains dan Teknologi telah memiliki pengakuan akreditasi sebagaimana informasi berikut:
| No | Nama Program Studi | Status Akreditasi | Nomor SK | Lembaga Penerbit |
| 1 | Matematika | Baik | 2984/SK/BAN-PT/Ak.P/S/VII/2023 | BAN-PT |
| 2 | Informatika | Baik | 2850/SK/BAN-PT/Ak.P/S/VII/2023 | BAN-PT |
| 3 | Sains Pertanian | Baik | 2744/SK/BAN-PT/Ak.P/S/VII/2023 | BAN-PT |